ขั้นตอนการดำเนินการประกาศเป็นอุทยานแห่งชาติตามพระราชบัญญัติอุทยานแห่งชาติ พ.ศ.2562 ประกอบด้วย ๑๑ ขั้นตอน ดังนี้
ขั้นตอนที่ 1 สำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 14 (ตาก) รายงานข้อมูลการสำรวจพื้นที่ป่าที่มีความสมบูรณ์หรือมีความโดดเด่นน่าสนใจเบื้องต้น พร้อมทั้งตรวจสอบว่าแนวเขตพื้นที่ดังกล่าวมีการกำหนดไว้เป็นพื้นที่ดำเนินการตามกฎหมายหรือไม่
ขั้นตอนที่ 2 กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืช พิจารณาความเหมาะสม ตรวจสอบแนวเขตและมีหนังสือขอความเห็นชอบจากหน่วยงานที่ดูแลพื้นที่ดังกล่าว รวมทั้งออกคำสั่งให้เจ้าหน้าที่ไปดำเนินการสำรวจ ตรวจสอบพื้นที่
ขั้นตอนที่ 3 สำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ที่ 14 (ตาก) ร่วมกับอุทยานแห่งชาติดอยสอยมาลัย-ไม้กลายเป็นหิน (เตรียมการ) ชี้แจงทำความเข้าใจกับผู้นำชุมชน ผู้ใหญ่บ้าน กำนัน ราษฎรในพื้นที่และนำเรื่องแจ้งในที่ประชุมสภาองค์การบริหารส่วนตำบลที่เกี่ยวข้อง ดำเนินการประสานเจ้าหน้าที่สำนักฟื้นฟูและพัฒนาพื้นที่อนุรักษ์ทำการสำรวจรังวัดพื้นที่ และนำเรื่องแจ้งในที่ประชุมคณะอนุกรรมการป้องกันและปราบปรามการทำลายทรัพยากรป่าไม้ประจำจังหวัด
ขั้นตอนที่ 4 กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืช แจ้งสำนักบริหารพื้นที่อนุรักษ์ ร่วมกับอุทยานแห่งชาติ (เตรียมการ) ดำเนินการรับฟังความคิดเห็นกลุ่มผู้มีส่วนได้เสีย ชุมชนที่เกี่ยวข้องและประชาชนทั่วไป ตามมาตรา 8 วรรคสาม ของพระราชบัญญัติอุทยานแห่งชาติ พ.ศ.2562
ขั้นตอนที่ 5 คณะกรรมการอุทยานแห่งชาติพิจารณาให้ข้อเสนอแนะ (กรณีพื้นที่สำรวจเพื่อกำหนดเป็นอุทยานแห่งชาติแห่งใหม่ หรือกรณีอุทยานแห่งชาติ (เตรียมการ) ที่เคยผ่านการพิจารณาของคณะกรรมการอุทยานแห่งชาติแล้ว แต่ผลการรับฟังความคิดเห็นมีความแตกต่างอย่างมีนัยสำคัญ
ขั้นตอนที่ 6 กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าและพันธุ์พืช จัดทำแผนที่แนบท้ายพระราชกฤษฎีกา และส่งแผนที่ให้กรมการปกครองตรวจสอบท้องที่เขตการปกครองให้เป็นไปตามมาติคณะรัฐมนตรีวันที่ 22 มีนาคม 2565
ขั้นตอนที่ 7 กรมอุทยานแห่งชาติ สัตว์ป่าแลพันธุ์พืช จัดทำร่างพระราชกฤษฎีกาพร้อมแผนที่แนบท้าย เสนอต่อปลัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมเพื่อโปรดนำเรียนรัฐมนตรีว่าการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมพิจารณาลงนามในหนังสือเรียนเลขาธิการคณะรัฐมนตรี
ขั้นตอนที่ 8 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ลงนามในหนังสือเรียนเลขาธิการคณะรัฐมนตรีเสนอร่างพระราชกฤษฎีกา
ขั้นตอนที่ 9 สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี เสนอคณะรัฐมนตรีพิจารณาอนุมัติหลักการร่างพระราชกฤษฎีกาและส่งสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาพิจารณาต่อไป
ขั้นตอนที่ 10 สำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาเชิญหน่วยงานที่เกี่ยวข้องตรวจพิจารณาร่างพระราชกฤษฎีกา
ขั้นตอนที่ 11 สำนักเลขาธิการคณะรัฐมนตรี แจ้งกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมส่งแผนที่ท้ายพระราชกฤษฎีกาเพื่อนำขึ้นทูลเกล้าฯ เพื่อลงพระปรมาภิไธย และประกาศในราชกิจจานุเบกษาบังคับเป็นกฎหมายต่อไป
ปัจจุบันการจัดตั้งอุทยานแห่งชาติดอยสอยมาลัย-ไม้กลายเป็นหิน อยู่ในขั้นตอนที่ 4 การรับฟังความคิดเห็นกลุ่มผู้มีส่วนได้เสีย ชุมชนที่เกี่ยวข้องและประชาชนทั่วไป ตามมาตรา 8 วรรคสาม ของพระราชบัญญัติอุทยานแห่งชาติ พ.ศ.2562 และประกาศกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม เรื่อง การรับฟังความคิดเห็นและการส่วนร่วมของผู้มีส่วนได้เสีย ชุมชนที่เกี่ยวข้องและประชาชนในการกำหนดพื้นที่ การขยายและการเพิกถอนอุทยานแห่งชาติ วนอุทยาน สวนพฤกษศาสตร์ และสวนรุกขาติ พ.ศ.2564 โดยในการดำเนินการประกาศจัดตั้งอุทยานแห่งชาติดอยสอยมาลัย – ไม้กลายเป็นหินจนถึงขั้นตอนการตราเป็นพระราชกฤษฎี คาดว่าจะใช้ระยะเวลาประมาณ 2 ปี (ตั้งแต่ พ.ศ. 2569 ถึง พ.ศ. 2570)